本发明涉及一种质子交换膜燃料电池双机备份控制器，主控制器处理器和从控制器处理器均与电源模块、数据存储模块、主从控制器切换模块连接，主控制器处理器还与从控制器处理器、通信模块连接，主从控制器切换模块与数据采集模块、驱动输出模块连接；其方法包括以下步骤：主控制器处理器实时监控燃料电池设备并定期将燃料电池传感器数据发送至从控制器处理器进行备份；当主控制器处理器故障时，从控制器处理器经主从控制器切换模块将燃料电池传感器信息进行备份并关闭设备。本发明采用双机备份冗余设计，当主控制器发生故障，从控制器能够实时接替，完成必要控制工作，从而避免系统处于失控状态，具有性能稳定，可靠性强的特点。
