真空低温冷冻干燥是目前最先进的一种干燥方式，适宜于加工发酵制品如酶制剂等用生物技术生产的生理活性物质。冻干物料原有的物理形态、化学和生理性能基本不变，复水性能良好，可在常温下储存一至数年。酶工程研究所有一套专门开展冷冻干燥技术研究的科技队伍，应用上海东富龙设备有限公司生产的DX-5型冷冻干燥系统，冷冻能力为50L/批。
对多种产品形成了完整的冻干技术工艺，已经成功地为第四军医大学、西北大学、西安福如林生物技术有限公司等进行了鹿茸、蜂王浆、牛初乳、蚯蚓粉、酶制剂、昆虫等产品的冻干中试，冻干产品的各项指标都很好的达到了客户要求。