中国科学院近代物理研究所从2000年开始利用兰州重离子研究装置提供的重离子束进行微生物的辐射诱变工作，已选育出高产柠檬酸生产菌种（黑曲霉H4002号）、阿维链霉菌（AV203）、酵母多糖生产菌、青贮饲料植物乳酸菌等多个优良新菌种；用重离子束辐照选育的微生物优良菌种有其发酵工艺技术已在6个企业的生产线上得到应用，取得了可观的经济效益，多项科技成果经甘肃省科技厅组织的科技成果鉴定，均达国际先进水平。

优良酿酒酵母菌种选育：重离子辐照选育的优良酿酒酵母菌株在36h完全发酵，比原始菌株发酵时间（48h）缩短12h，乙醇产量达到13.2%（v/v），比原始菌株菌株（11.6% v/v）提高13.8%，目前该菌株已用于乙醇和酒类生产。

柠檬酸高产菌种选育及中试发酵技术：用重离子辐射诱变技术对柠檬酸产生菌—黑曲霉进行处理，经过固体平板初筛、摇瓶复筛、发酵稳定性、各种发酵参数研究和10L—100L发酵罐的中试发酵试验，获取的H4002号新菌种，在100L罐多批次发酵中，得到发酵周期55h，产酸度达到19g/100ml以上的发酵工艺技术。经科技成果鉴定，达到了国际先进水平。

谷氨酸高产菌种选育：利用重离子辐照选育谷氨酸生产菌，发酵效率明显提高，残糖含量下降，原料利用率提高；谷氨酸产率121.1 g/L，与出发菌株产酸相比提高了10.09 %。