生物柴油，是由甲醇与动植物油脂中的游离脂肪酸、甘油三酯成分发生酯化、酯交换反应，生成的脂肪酸甲酯（主要成分是棕榈酸甲酯、
油酸甲酯、亚油酸甲酯和亚麻酸甲酯等），反应过程降低油料的粘度，改善油料流动性和汽化性能，达到作为燃料使用的要求。由于可再生，无污染，生物柴油是典型“绿色能源”。其性能与 0#柴油相近，可以替代0#柴油，用于各种型号的拖拉机、内河船及车用柴油机。生物柴油的热值约 1 kcal·kg-1，能直接使用或以任意比例与 0#柴油混合，且无需对现有柴油机进行改动。广州能源所自 2003 年开始进行生物柴油相关技术的研发，先后承担国家科技攻关项目、国家“863 项目”、中国科学院知识创新项目、广东省粤港招标项目等国家/省市项目 20 余项。研发了生物柴油固体酸催化剂，生物柴油静态混合活塞流反应器连续生产，甲醇/水高效分离膜，粗生物柴油干洗技术，模块化工艺等技术的研发。取得生物柴油授权专利16 件，其中发明 10 项，实用新型 5 项，外观设计 1 项，发表论文 70 余篇。在生物柴油技术领域积累了深厚的基础，在佛山三水建有年产 5000吨生物柴油中试基地。鉴定“地沟油清洁生产生物柴油关键技术”及“年产 1 万吨生物柴油关键技术及示范”等成果 2 项，获得“生物柴油固体催化连续绿色生产关键技术与产业化应用”等省部级奖励 3 项，生物柴油整体研究和开发水平经 2011 年广东省科技厅鉴定已达国际先进水平。