本发明提供一种富营养化浅水湖泊藻源性湖泛的短期预报方法,包括:在浅水湖泊湖泛易发水域设定若干监测点,对气象参数和水环境参数进行测定;利用空间网格划分和插值算法,将监测点的水环境参数插值到全湖,其空间分布作为水质数值模型的初始条件;以未来三天风场时空分布作为模型外部应力,驱动三维水动力—水质数值模型进行运算,得到未来三天浅水湖泊叶绿素a和溶解氧浓度的时空分布;利用叶绿素a和溶解氧浓度的时空分布,结合气象参数建立概率经验公式,计算未来三天湖泛易发水域发生湖泛的概率;对于发生湖泛概率较大的区域,进一步确定发生湖泛的位置和面积。