本发明公开了一种针对干旱地区农业面源污染的复合净化系统,所述复合净化系统包括:生态沟渠;生物绳,生物绳设在生态沟渠内;人工湿地,人工湿地包括第一种植区、第二种植区和第三种植区,第一种植区与生态沟渠的出水端连通,第三种植区具有出水口;第一分隔件,第一分隔件设在第一种植区与第二种植区之间,第一分隔件上设有第一连通口;第一闸门和第一泵站调控装置;第二分隔件,第二分隔件设在第二种植区与第三种植区之间,第二分隔件上设有第二连通口;以及第二闸门和第二泵站调控装置。所述针对干旱地区农业面源污染的复合净化系统可以多维度、高效地、友好地净化农业面源污染水体,降低入湖污染物的浓度和总量。