本发明公开了一种同时高效提取与回收金属元素以及功能有机化合物的电萃取工艺,其特征在于:将含有功能有机化合物的废水和金属离子废水混合后进行冷凝回流反应,使金属离子与功能有机化合物配位,获得功能有机化合物的金属络合物溶液;将功能有机化合物的金属络合物溶液作为电渗析系统的浓缩室液和淡化室液导入电渗析系统中进行处理,使淡化室中的功能有机化合物的金属络合物在浓缩室中富集,去除淡化室中的功能有机化合物的金属络合物,对浓缩室中的功能有机化合物的金属络合物进行回收。本发明可以在处理两种废水的同时将金属离子废水中的金属离子以及高TOC有机废水中的功能化合物进行回收再利用,无二次污染,操作简单且能耗低。