本发明公开了一种利用双极膜电渗析从蛋氨酸盐与碳酸盐的混合溶液中分离出蛋氨酸的方法,其特征在于:设置双极膜电渗析系统,利用双极膜电渗析工艺从蛋氨酸盐与碳酸盐的混合溶液中分离出蛋氨酸,双极膜可以同时水解离生成氢氧根离子和氢离子,氢离子可中和蛋氨酸盐与碳酸盐的混合溶液中的蛋氨酸根离子和碳酸根离子,生成蛋氨酸,产生的氢氧根离子可以与阳离子结合得到无机碱。本发明双极膜电渗析过程中不需要额外引入大量的酸和碱,环境友好,并且降低了过程成本,并且过程中没有产生无机盐废渣,蛋氨酸的回收效率高,纯度高,从而产生的废水更容易处理。