本发明公开了一种单光子探测器雪崩信号同步甄别装置,该装置包括:扇出单元,将一路门控触发信号变成两路信号,输出至二可编程延时单元;可编程延时单元对输入信号延时后分别送入高速比较器和D触发器;高速比较器基于雪崩二极管的雪崩信号输出数字电平信号;D触发器基于数字电平信号得到输出信号;脉冲宽度整形单元根据输出信号输出脉冲宽度可控的单光子探测信号。本发明还公开了一种单光子探测器雪崩信号同步甄别方法。本发明消除了雪崩信号幅度变化和噪声引起的探测信号时间抖动,提高了探测器在高频工作条件下的时间分辨率和微弱雪崩信号的甄别能力,大大减小了高速门控条件下探测信号时间抖动引起的错误计数概率和探测器的后脉冲概率。