本发明涉及一种显微镜用活细胞培养环境控制系统,由上位计算机、控制器、培养箱、一体化执行器组成。上位计算机可以设定温度、CO2浓度,其中温度可以按多点分别设定和控制;培养箱具有上下层各自独立工作的层流送风结构,其顶板位于显微镜载物台上方,聚光镜转盘下方,可以向两侧打开和闭合;控制器包含多点温度控制器和CO2浓度控制器、载物台上、下方和培养箱左右底板上分别安装有温度探测探头,结合载物台上方的CO2浓度,在下层控制温度,上层同时控制温度、CO2浓度;一体化执行器具有加温、加湿、CO2混合功能的一体化结构。本发明机构简单、易于操作、体积较小,能快速拆装,具有良好的控制精度,便于高性能显微镜的功能充分发挥。