本发明公开了一种基于大气压等离子体喷管的并行无掩模扫描微纳米加工装置和方法,加工装置包括大气压等离子体喷管、集成在喷管下端的喷嘴针尖阵列,所述喷嘴针尖阵列的下部设有三维精密移动台,喷嘴针尖阵列包括多个设有微纳米孔的喷嘴针尖,每个喷嘴针尖均设有倒金字塔形状的空心微腔。将大气压等离子体喷管放置于大气压环境下,喷管内持续通入反应气体,反应气体在电场作用下产生电离生成反应等离子体,通过喷嘴针尖阵列用于形成等离子体纳米射流阵列。通过三维精密移动台控制等离子体微射流装置与被加工样品的相对移动,能实现对多种材料的低成本、高精度、高效率的无掩膜刻蚀、沉积加工以及表面改性,以满足小批量、多品种的微纳米器件加工应用的要求。