本发明公开了低渗透率储层的固有渗透率解释方法及系统,首先确定测试样本中气体的流量测量值随测试压力变化的第一曲线,之后设定测试样本的预设渗透率、以漫反射形式被孔隙壁面反射回来的气体比例,以及滑移距离与分子平均自由程之比,利用表观渗透率修正公式对预设渗透率进行修正,基于修正后的渗透率及其他相关参数进行渗流方程求解,获得不同测试压力下测试样本中气体的流量计算值,之后生成测试样本中气体的流量计算值随测试压力变化的第二曲线,当第一曲线和第二曲线的拟合结果满足预设精度要求时,将当前设定的预设渗透率作为测试样本的固有渗透率。本发明公开的方法和系统,能够更加准确的解释低渗透率储层的固有渗透率。