本发明公开了一种基于芯片进行规模化快速制备单根寡核苷酸的方法，具体是基于DNA微芯片和聚丙烯酰胺凝胶分离方法，规模化快速分离制备单根寡核苷酸的方法。本发明还公开了以规模化制备单根寡核苷酸的芯片上寡核苷酸合成序列的设计方法。该方法可以在22h之内得到纳摩尔级的PAGE纯度的独立的双链寡核苷酸。该方法得到的单根寡核苷酸的花费最低可降至$0.009/碱基，并且，随着单张芯片合成量的提高，成本可以进一步降低。本发明成功制备615根不同的寡核苷酸，分为88个寡核苷酸亚库，合成寡核苷酸总长度达62,809个碱基。
