在工业微生物育种中，原生质体诱变与原生质体融合技术已经被广泛应用，并取得了良好的效果。而将两者相结合的诱变融合技术也被不断应用与发展，尤其是基因组改组技术的诞生，为工业微生物的育种 带来了新的思路。
在一般的原生质体融合中，都会使得两亲本带上可以识别的选择性遗传标记，以筛选融合子。然而，目前传统采用的选择性标记主要是整合型标记、抗药性标记、营养缺陷型标记等。利用上述这些传统的标记存在的问题是操作难度大、 步骤烦琐、成本高，有些标记可造成对染色体的损害，并且有些标记在加上后无法通过简单的手段脱去标记，而抗性标记的存在经常会造成菌株中目的蛋白产量的下降。
本发明公开了一种利用标记质粒制备发生原生质体融合的菌株的方法，即在适合原生质体融合的条件下，将第一亲本菌株与第二亲本菌株进行混合，形成第一亲本菌株与第二亲本菌株的混合物，其中，第一亲本菌株含有携带第一抗性标记的质粒，第二亲本菌株含有携带第二抗性标记的质粒，并且所述的第一抗性标记和第二抗性标记是不同的，从所述混合物中选出耐受第一抗性标记和第二抗性标记的菌株，从而获得原生质体融合的菌株。
该方法具有易标记，易脱去标记的优点，脱去抗性标记后，可进行后续的遗传操作，如再次融合，基因操作等。可方便地用于进行基于基因改组技术的菌株育种和改良。此方法操作简单、成本低、设备要求低，并且不伤害菌株自身的染色体。基于所述制备原生质体融合的菌株的方法，可进行一次或多次的原生质体融合选择，从而获得具有某一优良性状(例如高产多拉菌素)的菌株。通过该方法获得的多拉菌素生产菌，效价超过200，效价提高了约40%。