本发明涉及一种黑果枸杞原花青素提取物的制备方法,该方法以黑果枸杞果汁或黑果枸杞浓缩液为原料,经非极性大孔吸附树脂分离后,用去离子水洗脱至无糖,再用盐酸-乙醇溶液洗脱,得到含有原花青素的洗脱液;然后将含有原花青素的洗脱液经真空减压浓缩或纳滤膜浓缩后,得到原花青素浓缩液;最后将浓缩液经喷雾干燥或冷冻干燥后,即可得到原花青素含量≥50%、总多酚含量≥50%、花色苷含量≥1%的的黑果枸杞原花青素提取物。本发明采用膜分离技术集合柱层析分离技术,不但有效降低了生产成本,缩短了提取分离的时间,减少了工艺过程中的能耗,而且所得产品纯度高、性能稳定,可应用于天然色素食品添加剂以及具有抗氧化作用的医药保健品原料。