蛋白质组样品处理是蛋白质组定性和定量分析的关键步骤，包括变性、还原、烷基化和酶解等多步操作。传统方法均为离线手工操作，不仅费时费力，而且易造成样品的污染和丢失，难以保证不同批间样品处理的重现性。针对上述问题，本课题组自主开发了全自动蛋白质组样品处理仪，包括可实现从蛋白质变性到酶解的全自动化处理。目前该仪器和相关部件已申请和授权10余项国内和国际发明专利。
该仪器具有样品处理通量高（简单样品：8 min； 复杂样品：20 min）、回收率高（>95%）、易于与液相色谱-质谱系统在线联用等特点。与国际同类产品相比，在蛋白质组样品，特别是微量蛋白质组样品的处理通量上具有明显的优势。此外，该仪器上的各个关键单元部件均可独立用于蛋白质样品的处理，如溶剂置换单元可用于蛋白质溶剂的置换，置换效率>95%，蛋白质回收率>95%，置换时间<2 min; 固定化酶反应器单元可用于蛋白质的快速酶解，酶解时间1-3min，多肽回收率>95%。本项目开发的仪器和关键部件已被成功用于临床体液（如血液和尿液等）、细胞和组织等样品的自动化处理，具有广阔的市场前景。