针对于国内实验室的需求，以及针对不同的质谱仪器及其精度，运用各种算法，开发蛋白质组定量软件，包括标记定量方法和非标记定量方法，达到和超过国际上目前使用的软件精度和准确率。基于以上定量软件及其模块，开发出蛋白质定量软件和平台，成为国际上较有影响力的定量平台。
改进的ASAPRatio缺失值减少83.3%，运行速度提高约19倍；MZ-Analyzer 1.0beta,已在国际著名的SourceForge网站开源，累计下载210余次；QuantWiz软件包经上海生科院标准测试数据集初步测试，其定量精度接近或部分优于国际主流定量软件包Census；M-QuantWiz在16核加速比达到14.7，并行效率达到91.88%；P-QuantWiz在512核并行效率达到63.8%，具备了大规模并行的能力，扩展性良好。
