专利详情

专利名称	一种DNA读序数据FASTQ文件并行压缩和解压缩方法
申请号	CN201310551802.7	专利类型	发明专利
公开（公告）号	CN103559020A	公开（授权）日	2014.02.05
申请（专利权）人	中国科学院软件研究所;广州中国科学院软件应用技术研究所	发明（设计）人	郑晶晶;王婷;张常有;詹科
主分类号	G06F9/38(2006.01)I	IPC主分类号	G06F9/38(2006.01)I;G06F17/30(2006.01)I;H03M7/30(2006.01)I
专利有效期	一种DNA读序数据FASTQ文件并行压缩和解压缩方法至一种DNA读序数据FASTQ文件并行压缩和解压缩方法	法律状态	实质审查的生效
说明书摘要	一种DNA读序数据FASTQ文件并行压缩和并行解压缩方法，针对DNA读序数据FASTQ文件的压缩与解压缩，利用循环双缓冲队列、循环双内存映射和内存映射并结合数据分块处理、多线程流水并行压缩解压缩处理、读写顺序二维数组等技术，实现FASTQ文件的多个进程以及进程内的多个线程之间的并行压缩和并行解压缩处理。可以基于MPI和OpenMP实现，也可以基于MPI和Pthread实现。本发明充分利用各个计算节点以及节点内多核CPU的强大计算能力，能够解决串行压缩解压缩程序所受到的处理器、内存等资源的限制。