专利详情

专利名称	一种测序序列映射方法及系统
申请号	CN201310282312.1	专利类型	发明专利
公开（公告）号	CN103336916A	公开（授权）日	2013.10.02
申请（专利权）人	中国科学院数学与系统科学研究院	发明（设计）人	李雷;王安琪;陈士剑
主分类号	G06F19/18(2011.01)I	IPC主分类号	G06F19/18(2011.01)I
专利有效期	一种测序序列映射方法及系统至一种测序序列映射方法及系统	法律状态	实质审查的生效
说明书摘要	本发明公开了一种测序序列映射方法及系统。该方法包括对所述参考基因组进行预处理，以生成参考基因组压缩结构、地址索引结构和等分点索引结构；参考基因组压缩结构以压缩形式存储整个参考基因组，地址索引结构按照一定次序存储参考基因组中所有子序列的地址值，等分点索引结构用于存储一部分地址值在地址索引结构中所处的位置，用于加速实现测序序列的初步定位；基于参考基因组的特征、测序序列的整体信息、测序序列所属物种的多态发生情况，根据概率设计映射算法参数，以达到或折中对灵敏度、特异度、映射速度的要求；根据预处理得到的上述结构，通过子序列定位、基于自匹配函数的延拓、定量分析步骤将每一个测序序列映射至所述参考基因组。