专利详情

专利名称	一种基于De Bruijn图的并行基因拼接方法
申请号	CN201310176240.2	专利类型	发明专利
公开（公告）号	CN103258145A	公开（授权）日	2013.08.21
申请（专利权）人	中国科学院深圳先进技术研究院	发明（设计）人	曾理;成杰峰;孟金涛;涂志兵;冯圣中
主分类号	G06F19/18(2011.01)I	IPC主分类号	G06F19/18(2011.01)I
专利有效期	一种基于De Bruijn图的并行基因拼接方法至一种基于De Bruijn图的并行基因拼接方法	法律状态	实质审查的生效
说明书摘要	本发明涉及基因测序技术领域，提供了一种基于De?Bruijn图的并行基因拼接方法，包括：S1.并行构建分布式De?Bruijn图；S2.剔除错误路径；S3.基于深度图遍历方法对De?Bruijn图进行化简；S4.合并contig，生成scaffold；S5.输出scaffold。本发明基于集群系统，并行构造De?Bruijn图，解决了大基因组拼接时由于其数据量太大，传统单机串行的基因拼接算法无法构图和无法进一步处理的问题；同时，在化简过程中，进行基于深度图遍历的并行化简，图化简过程简单，并行度高，拼接速度快。