专利详情

专利名称	短序列组装中序列片段的过滤方法及系统
申请号	CN201210575726.9	专利类型	发明专利
公开（公告）号	CN103065067A	公开（授权）日	2013.04.24
申请（专利权）人	深圳先进技术研究院	发明（设计）人	孟金涛;魏彦杰;曾理;成杰峰;冯圣中
主分类号	G06F19/22(2011.01)I	IPC主分类号	G06F19/22(2011.01)I
专利有效期	短序列组装中序列片段的过滤方法及系统至短序列组装中序列片段的过滤方法及系统	法律状态	公开
说明书摘要	本发明公开了一种短序列组装中序列片段的过滤方法，包括以下步骤：接收测序序列；分别将接收到的测序序列逐个碱基滑动切割得到固定碱基长度的短串；将得到的所述短串的序列值及所述短串的出现频率存储为一个节点；计算所述短串频率阈值；将频率小于阈值的短串过滤。本发明还提供了短序列组装中序列片段的过滤系统。本发明的有益效果在于，过滤了错误的短串，减小了组装拼接的短串集合，减小了组装拼接程序所需内存，提高了组装拼接程序的性能；在进行短串节点存储的同时对短串出现的频率进行了统计，操作简单；误差小。